Ecoevol Ladiv

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Fri, 23 Dec 2011 00:07:24 -0200

PG - LM e Intro ao R

Fri, 23 Dec 2011 00:07:24 -0200

Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Conservação e Manejo da Vida Silvestre

Introdução aos Modelo Lineares em Ecologia Usando o Ambiente R

Prof. Adriano Sanches Melo - asm.adrimelo@gmail.com – Dep. Ecologia – UFG

www.ecoevol.ufg.br/ladiv 05-09 outubro 2009

Ementa: Histórico do Ambiente de Programação R; Modo de utilização; Tipos de objetos; Funções e pacotes; Manipulação de dados; Gráficos; Modelagem estatística: lm, glm, tree; Fundamentos de programação; Automatização de tarefas repetitivas: loop for(); Testes de aleatorização.

Cronograma

05out09 (segunda) – M: Introdução ao uso do R. Exercícios-1

T: Introdução aos Modelos Lineares: Regressão Linear Simples. Exercícios-2

06out09 (terça) – M: Teste t e Anova-1. Exercícios-3

T: Interação, Anova-2 e Uso de blocos. Exercícios-4

07out09 (quarta) – M: Ancova, Regressão Múltipla. Exercícios-5

T: GLM (Reg. Logística Simples); Árvores de Regressão. Exercícios-6

08out09 (quinta) – M: Introdução à programação no R. Testes de aleatorização

T: funções for() e if()

09out09 (sexta) – M: Exercícios

T: Exercícios de avaliação (provinha)

Bibliografia

Braun, W.J. e D.J. Murdoch. 2008. A first course in statistical programming with R. Cambridge University Press, 174 pp.

Chambers, J.M. 2004. Programming with Data: A Guide to the S Language. Springer, 469 pp.

Crawley, M.J. Statistics: An introduction using R. John Wiley & Sons, Ltd.

Everitt, B.S. e T. Hothorn. 2006. A handbook of statistical analyses using R. Chapman & Hall/CRC.

Peternelli, L.A. e M.P. Mello. 2007. Conhecendo o R: uma visão estatística. Editora UFV.

Ribeiro Jr., P.J. 2008. Introdução ao sistema estatístico R (Mini-curso EMBRAPA).

http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.html#Rembrapase29.html

Venables, W. e B.D. Ripley. 2004. S Programming. Springer, 400 pp.

Venables, W.N., D.M. Smith e The R Development Core Team. 2004. An Introduction to R. Disponível em formato pdf no menu de ajuda do programa R (www.r-project.org)

Apostilas eletrônicas disponíveis em: www.ecologia.ufrgs.br/~adrimelo/biblioR/

Original

PG - Met Diversidade

Fri, 23 Dec 2011 00:07:24 -0200

Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Evolução - Universidade Federal de Goiás

Métodos para Quantificar a Diversidade Biológica

09 a 13 de Novembro de 2009

Prof. Adriano Sanches Melo

Dep. Ecologia, ICB, Universidade Federal de Goiás - asm.adrimelogmail.com

www.ecoevol.ufg.br/ladiv/

Ementa: Introdução ao uso do ambiente R. Introdução às técnicas mais comuns em estudos de diversidade. Gerenciamento de dados de diversidade em planilhas eletrônicas e bancos de dados. Índices de riqueza e de diversidade. Estimativas de riqueza de espécies. Modelos de abundância relativa. Diversidade alfa, beta e gama. Índices de Similaridade e Análises de Similaridade. Modelos espécie X área.

Programação

Segunda (09)

08:30-12:00hs Introdução MD-aula1.pdf

Objetivos de quantificar a diversidade: a) Teoria e b) Aplicações

Todos grupos são interessantes

Diversidade e estatística; Uso de métodos de diversidade em trabalhos

Uso de formulas no MS Excel

Introdução ao programa R e noções de programação

14:00-18:00hs Exercícios

Riqueza de espécies MD-aula2.pdf

Índices de riqueza

Curvas de acumulação de espécies

Taxas de encontro de espécies raras

Rarefação

Exercícios japi.txt Exercicios.xls

Terça (10)

08:30-12:00hs Não haverá aula.

14:00-18:00hs Extrapolação MD-aula3.pdf

Riqueza na comunidade

Riqueza numa amostra maior

Índices de diversidade

Índices de equabilidade

Série de Hill

Exercícios

Quarta (11)

08:00-09:30hs Modelos de abundância relativa MD-aula4.pdf

Componentes espaciais da diversidade

14:00-18:00hs Exercícios lago-trop.txt lago-temp.txt

Quinta (12)

08:30-12:00hs Índices de similaridade e ANOSIM MD-aula5.pdf

14:00-17:00hs Exercícios lagos.txt

Sexta (13)

08:30-12:00hs Não haverá aula

14:00-17:00hs Prova (exercícios de avaliação se a palavra 'prova' for muito forte para você...)

fertilizantes.txt

Bibliografia sugerida

Segunda

Venables, W.N., D.M. Smith e The R Development Core Team. 2003. An introduction to R. Notes on R: A Programming Environment for Data Analysis and Graphics. Arquivo no formato pdf dentro do programa R, disponível em www.r-project.org

Monteiro, L.R. e J.L. Gomes Jr (colaborador). 2006. Introdução à biometria utilizando R. Laboratório de Ciências Ambientais, UNiversidade Estadual do Norte Fluminense, disponível em http://www.r-project.org/ PDF.

Gotelli, N.J. e R.K. Colwell. 2001. Quantifying biodiversity: procedures and pitfalls in the measurement and comparison of species richness. Ecology Letters 4: 379-391. PDF

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 5).

Melo, A.S. O que ganhamos ‘confundindo’ riqueza de espécies e equabilidade em um índice de diversidade?
Biota Neotrop., 8(3): http://www.biotaneotropica.org.br/v8n3/pt/fullpaper?bn00108032008+pt

Terça

Estimadores de riqueza

Colwell, R.K. e J.A. Coddington. 1994. Estimating terrestrial biodiversity through extrapolation. Philosophical Transactions of the Royal Society series B 345:101-118.. PDF

Melo, A.S., R.A.S. Pereira, A.J. Santos, G.J. Shepherd, G. Machado, H.F. Medeiros e R.J. Sawaya. 2003. Comparing species richness among assemblages using sample units: why not use extrapolation methods to standardize different sample sizes? Oikos 101: 398-410. PDF

Melo A.S. 2004. A critique of the use of jackknife and related non-parametric techniques to estimate species richness. Community Ecology 5: 149-157. PDF

Índices de diversidade

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 4).

Índices de equitabilidade

Beisel, J-N., P. Usseglio-Polatera, V. Bachmann e J.C. Moreteau. 2002. A comparative analysis of evenness index sensitivity. International Review of Hydrobiology 88: 3-15. PDF

Série de Hill

Tóthméréz. B. 1995. Comparison of different methods for diversity ordering. Journal of Vegetation Science. 6: 283-90.

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 5, pp 148-149).

Mendes, R.S, L.R. Evangelista, S.M. Thomaz, A.A. Agostinho e L.C. Gomes. 2008. A unified index to measure ecological diversity and species rarity. Ecography 31: 450-456. PDF

Quarta

Modelos de Abundância Relativa

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 2).

Diversidade Beta

Gering, J.C. e T.O. Crist. 2002. The alpha-beta-regional relationship: providing new insights into local-regional patterns of species richness and scale dependence of diversity components. Ecology Letters 5: 433-444. PDF

Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Pub.,Oxford (Cap. 6).

Veech, J.A., K.S. Summerville, T.O. Christ e J.C. Gering. 2002. The additive partitioning of species diversity: recent revival of an old idea. Oikos 99: 3-9. PDF

Quinta

Warton, D.I. e H.M. Hudson. 2004. A Manova statistic is just as powerful as distance-based statistics, for multivariate abundances. Ecology: 85: 858-874. PDF

Wolda, H. 1981. Similarity indices, sample size and diversity. Oecologia 50: 296-302.

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